地下水与地表水（河流、湖泊、水库、海洋等）是水文循环中的两个不同环节，它们在水动力学和环境化学方面也有不同的特点，因而地下水污染有着与地表水体污染不同的特点。（1）地下水污染具有隐蔽性。主要因为地下水赋存在距地表以下一定的深度，被包气带与地表相隔开，除非被井孔揭露，一般难以用肉眼直接观察。（2）地下水污染过程缓慢。主要因为含有污染组分的水流通过土壤、包气带进入地下水往往需要一定的渗透时间，所需时间的长短与入渗强度、土壤包气带厚度、岩性的渗透性有关，也就是说，由地表进入的污染水流与地下水检出污染物两者在时间上有滞后的现象。（3）地下水污染难以治理。地表水（河流）水质更新的平均时间一般在15～20天，而地下水水质更新时间平均为1400年，地下水一旦被污染，很难靠天然过程在短期内去除污染后果，用人工方法也难以将如此庞大且深埋的含水层中的污染物清除。。